NAWA-MV-Daten einlesen — einlesen

Liest MV-Daten im BAFU-NAWA-Format ein. Falls die Datei einen Header aufweist vor dem Start der eigentlichen Tabelle, so wird dieser übersprungen. Um mehrere Dateien im NAWA-Format auf einmal einzulesen, kann die Funktion batch_einlesen_nawa() verwendet werden.

Verwendung

einlesen_nawa(
  nawa_mv,
  vsa_lookup_pfad = NULL,
  bafu_lookup_pfad = NULL,
  delimiter = NA_character_,
  encoding = NA_character_,
  lang = NA_character_,
  parameter = NA_character_,
  header = NA_integer_
)

Argumente

nawa_mv: Entweder Pfad zur Datei im NAWA-Format (Excel oder Text) oder ein Dataframe im NAWA-Format (z.B. WISKI-Export)
vsa_lookup_pfad: Pfad zur VSA-Tabelle Tab_Substanzen.xlsx
bafu_lookup_pfad: Pfad zum BAFU-Namen-Lookup
delimiter: Trennzeichen für Textdateien. Falls NULL, wird versucht, das Trennzeichen zu erraten. Standard ist NULL.
encoding: Encoding der Textdatei. Falls NULL, wird versucht, das Encoding zu erraten. Standard ist NULL.
lang: Sprache der Datei. Falls NULL, wird versucht, die Sprache zu erraten. Mögliche Werte sind "DE" (Deutsch) oder "FR" (Französisch). Standard ist NULL.
parameter: Angabe, was im "Parameter"-Feld der MV-Datei steht (da nicht konsistent verwendet). Mögliche Werte sind "BAFU_Parameter_ID" (für den BAFU-Schlüssel ohne Sonderzeichen), "BAFU_Bez_DE" (Deutsche Bezeichnung) oder "BAFU_Bez_FR" (Französische Bezeichnung). Falls NULL, wird versucht, das Parameter-Feld zu erraten. Standard ist NULL.
header: Zeilennummer, ab der die eigentliche Tabelle beginnt. Falls NULL, wird versucht, die Header-Zeile zu erraten. Standard ist NULL.

Rückgabewert

Dataframe mit MV-Daten

Details

Die Funktion liest entweder eine (einzelne) Datei im Excel (.xlsx)-Format ein oder als Text mit Trennzeichen (.csv, .txt). Die Funktion kann anstelle einer Datei auch ein Dataframe im NAWA-Format entgegennehmen (z.B. über Datenbank-Verbindung abgerufen).

Duplikate (z.B. auch für Messungen auf mehreren Geräten) werden entfernt, indem jeweils der höchste Messwert für die gleiche Probe (Station, Beginn- und Enddatum) und Substanz verwendet wird.

Bestimmungsgrenzen werden aus den eingelesenen Daten bestimmt, wobei die maximale und minimale Bestimmungsgrenze (über die gesamte Messperiode in den Daten) für jede Substanz ermittelt wird - die min. und max. Bestimmungsgrenzen sind also konstant im Datensatz. Falls eine Substanz keine Bestimmungsgrenze hat, so wird sie nicht entfernt, sondern es wird eine Warnung ausgegeben.

Alle Einheiten werden (für die weiteren Berechnungen) automatisch auf µg/l normalisiert.

Messungen von Substanzen, die nicht einer BAFU-Parameter-ID und einer VSA Substanz-ID zugeordnet werden können, werden entfernt.

Beispiele

# Testen der Einlesefunktion mit Heuristik
nawa_mv_fr <- system.file("extdata", "NAWA_Bsp_4.xlsx", package = "mvwizr")

out <- einlesen_nawa(nawa_mv_fr)
#> Warning: ! VSA-Lookup: 2 mehrfache Bezeichnungen (VSA Parameter-ID) pro Substanz_ID
#>   gefunden. Verwende tiefere Substanz_ID.
#> ℹ Betroffen: 8_2-FTCA, SiO2
#> ℹ Lese MV-Daten von Excel-Datei /home/runner/work/_temp/Library/mvwizr/extdata/NAWA_Bsp_4.xlsx ein.
#> ℹ Versuche Start des Tabellen-Headers der Datei /home/runner/work/_temp/Library/mvwizr/extdata/NAWA_Bsp_4.xlsx zu erraten.
#> ✔ Erkannter Header-Start: Zeile 8.
#> ℹ Versuche Sprache der Datei /home/runner/work/_temp/Library/mvwizr/extdata/NAWA_Bsp_4.xlsx zu erraten.
#> ✔ Erkannte Sprache: FR.
#> ℹ Versuche Parameter-Feld der Datei /home/runner/work/_temp/Library/mvwizr/extdata/NAWA_Bsp_4.xlsx zu erraten.
#> ✔ Erkannter Parameter: BAFU_Bez_FR.
#> ! Felder BEGINNPROBENAHME oder ENDEPROBENAHME wurden nicht als Datum eingelesen - versuche Typenkonvertierung.
#> ! Bestimmungsgrenzen wurden nicht als Zahlen eingelesen - versuche Typenkonvertierung.
#> ℹ Normalisiere Einheiten der MV-Daten auf µg/l.
#> ℹ Max./min. Bestimmungsgrenzen der MV-Daten bestimmen...
#> Warning: ! /home/runner/work/_temp/Library/mvwizr/extdata/NAWA_Bsp_4.xlsx: Nicht alle
#>   Substanzen, die in den MV-Daten gefunden wurden, konnten einer BAFU
#>   Parameter-ID zugeordnet werden.
#> ℹ Es wurden 3 Substanzen ohne BAFU Parameter-ID gefunden: Chlorpyrifos;
#>   Chlorpyrifos-méthyl; Dichlobenil
#> Warning: ! /home/runner/work/_temp/Library/mvwizr/extdata/NAWA_Bsp_4.xlsx: Nicht alle
#>   Substanzen, die in den MV-Daten gefunden wurden, konnten einer VSA
#>   ID_Substanz zugeordnet werden. Daten ohne ID_Substanz oder PARAMETERID_BAFU
#>   werden entfernt.
#> ℹ 2 Fehlende Zuordnungen für PO4-P-filtriert; P-tot

# Testen der Einlesefunktion mit Angabe von Argumenten
out2 <- einlesen_nawa(nawa_mv_fr,
  lang = "FR", parameter = "BAFU_Bez_FR",
  header = 8L
)
#> Warning: ! VSA-Lookup: 2 mehrfache Bezeichnungen (VSA Parameter-ID) pro Substanz_ID
#>   gefunden. Verwende tiefere Substanz_ID.
#> ℹ Betroffen: 8_2-FTCA, SiO2
#> ℹ Lese MV-Daten von Excel-Datei /home/runner/work/_temp/Library/mvwizr/extdata/NAWA_Bsp_4.xlsx ein.
#> ! Felder BEGINNPROBENAHME oder ENDEPROBENAHME wurden nicht als Datum eingelesen - versuche Typenkonvertierung.
#> ! Bestimmungsgrenzen wurden nicht als Zahlen eingelesen - versuche Typenkonvertierung.
#> ℹ Normalisiere Einheiten der MV-Daten auf µg/l.
#> ℹ Max./min. Bestimmungsgrenzen der MV-Daten bestimmen...
#> Warning: ! /home/runner/work/_temp/Library/mvwizr/extdata/NAWA_Bsp_4.xlsx: Nicht alle
#>   Substanzen, die in den MV-Daten gefunden wurden, konnten einer BAFU
#>   Parameter-ID zugeordnet werden.
#> ℹ Es wurden 3 Substanzen ohne BAFU Parameter-ID gefunden: Chlorpyrifos;
#>   Chlorpyrifos-méthyl; Dichlobenil
#> Warning: ! /home/runner/work/_temp/Library/mvwizr/extdata/NAWA_Bsp_4.xlsx: Nicht alle
#>   Substanzen, die in den MV-Daten gefunden wurden, konnten einer VSA
#>   ID_Substanz zugeordnet werden. Daten ohne ID_Substanz oder PARAMETERID_BAFU
#>   werden entfernt.
#> ℹ 2 Fehlende Zuordnungen für PO4-P-filtriert; P-tot

# Vergleich der Resultate
identical(out, out2)
#> [1] TRUE