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Verlauf von Mischproben plotten

plot_misch_verlauf.Rd

Plottet den Konzentrationsverlauf von Mikroverunreinigungen für eine bestimmte Station und Zeitraum. Dabei werden Stichproben (Proben ohne Enddatum) entfernt.

Usage

plot_misch_verlauf(
  mv_daten,
  regulierungen,
  stationscode,
  jahr = NULL,
  id_substanz = NULL,
  zulassungstyp = "[BP]",
  plot_typ = "barplot",
  plot_bg = TRUE,
  plot_parametergruppe = ""
)

Arguments

mv_daten

Dataframe mit aufbereiteten MV-Daten gemäss Spezifikation

regulierungen

Dataframe mit aufbereiteten Regulierungs-Daten gemäss Spezifikation

stationscode

Station, für welche der Plot erstellt werden soll

jahr

Jahre (numerischer Vektor), für welche ein Verlauf geplottet werden soll. Falls NULL (Vorgabewert), werden alle verfügbaren Daten geplottet.

id_substanz

Legt fest, ob für eine Substanz (Vektorlänge = 1; z.B. id_substanz = 71), mehrere Substanzen (Vektorlänge > 1; z.B. id_substanz = c(71, 91)) oder alle Substanzen (Summen) der Verlauf geplottet werden soll. Falls NULL (Vorgabewert) wird ein Summenplot erstellt

zulassungstyp

Filtert nach der Zulassungsart (Spalte Informationen Recht in Regulierungstabelle). Wird als regulärer Ausdruck interpretiert. Der Vorgabewert filtert nach Bioziden und Pflanzenschutzmitteln (auch mit ausgelaufener Zulassung). Für die Darstellung aller Substanzen (z.B. für gruppierten Barplot) "Alle" verwenden. Falls nur bestimmte Zulassungsschlüssel verwendet werden sollen, dies als regulären Ausdruck angeben (z.B. zulassungstyp = "B|PX" für zugelassene Biozide und/oder nicht mehr zugelassene PSM).

plot_typ

Plottyp in Abhängigkeit des gewählten Modus bei id_substanz.

  • Falls length(id_substanz) == 1, sind die folgenden Werte erlaubt: "barplot", "striche", "treppen". Wenn vorhanden, werden minimale und maximale Bestimmungsgrenzen geplottet

  • Falls length(id_substanz) > 1, sind die folgenden Werte erlaubt: "striche", "treppen". Es werden keine Bestimmungsgrenzen geplottet.

  • Falls keine id_substanz angegeben wird, werden Summenplots gezeichnet. Folgende Werte sind erlaubt: "barplot", "kombiniert", "treppen". "kombiniert" stellt eine Kombination der anderen beiden Plottypen dar (z.B. für Kontrollzwecke).

plot_bg

Logisch (Vorgabe: TRUE). Sollen Bestimmungsgrenzen, falls vorhanden, gezeichnet werden?

plot_parametergruppe

Name der Spalte (String), die für das Kategorisieren gruppierter Barplots (Summenplots) verwendet werden soll. Für die Daten des GBL Bern "PARAMETERGRUPPE" verwenden.

Value

ggplot2 Plot-Objekt

Details

Es sind in Abhängigkeit des Modus (id_substanz) verschiedene Plottypen plot_typ erlaubt:

  • "barplot": Monochromer Barplot; entweder für 1 Substanz oder Summenplots. Es werden auch überlappende Messintervalle dargestellt.

  • "kombiniert": Eine Kombination von "barplot" und "treppen" zur Diagnose/Kontrolle.

  • "striche": Horizontale Striche; entweder für 1 oder mehrere Substanzen. Es werden auch überlappende Messintervalle dargestellt.

  • "treppen": Treppenplot (ähnlich GeomStep). Kurze Messdauern <10 Tagen werden für diese Darstellung entfernt, um die Wahrscheinlichkeit von Überlappungen zu minimieren. Falls dennoch zeitliche Überlappungen existieren, stoppt die Funktion mit einem Fehler.

  • "barplot_gruppen": Nur für Summenplots (id_substanz = NULL), wenn plot_parametergruppe (siehe unten) angegeben ist und diese Spalte in den Daten existiert. Zeigt Barplots gruppiert nach einer bestimmten Kategorisierung (z.B. Aufteilung in Pestizide, Haushaltschemikalien und Arzneimittel). Achtung: Damit Stoffe unabhängig vom Zulassungsstatus gezeigt werden, muss bei zulassungstyp "Alle" gesetzt sein.

Examples

# Summenplot mit Barplot-Darstellung
plot_misch_verlauf(mvdaten_beispiel_mvwizr, regulierungen_mvwizr, "URT010")
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored


# Summenplot mit Treppen-Darstellung
plot_misch_verlauf(mvdaten_beispiel_mvwizr, regulierungen_mvwizr,
  "URT010",
  plot_typ = "treppen"
)
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
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# Summenplot mit Treppen-Darstellung bei überlappenden Intervallen - Fehler!
if (FALSE) {
  plot_misch_verlauf(mvdaten_beispiel_mvwizr, regulierungen_mvwizr,
    "MUS001",
    plot_typ = "treppen"
  )
}

# Verlauf von Einzelsubstanzen mit Barplots und Anzeige der Bestimmungsgrenze:
plot_misch_verlauf(mvdaten_beispiel_mvwizr, regulierungen_mvwizr,
  "URT010",
  id_substanz = 71
)
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
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# Verlauf mehrerer Substanzen mit Strichen:
plot_misch_verlauf(mvdaten_beispiel_mvwizr, regulierungen_mvwizr,
  "URT010",
  plot_typ = "striche", id_substanz = c(71, 91)
)
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
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# Verlauf Summe aller Substanzen (nicht nur Pestizide) als gruppierte Barplots
plot_misch_verlauf(mvdaten_beispiel_mvwizr, regulierungen_mvwizr,
  "URT010",
  plot_typ = "barplot_gruppen", zulassungstyp = "Alle",
  plot_parametergruppe = "PARAMETERGRUPPE"
)
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored
#> Warning: OS reports request to set locale to "de_CH.utf8" cannot be honored